- グループ通算制度では、グループ調整計算のベースとして、100%グループと通算グループを使い分け。
- 単体ベースでの判定を基本としつつも、既存のグループ法人税制の対象制度を広げ実質的に連結納税制度と同様とする一方、単体ベースに戻すと大幅増税となる制度については、連結グループ（通算グループ）全体での計算を維持。
連結納税制度の対象となる連結完全支配関係（旧法法4条の2一）とグループ通算制度の対象となる通算完全支配関係（改正法法64条の9①柱書）の定義は実質的に同じとなっているが、連結納税制度からグループ通算制度への移行に伴い、グループ調整計算のベースとなる「グループ」がかなり変更されている点、注意する必要がある。
連結納税制度では、研究開発税制、外国税額控除、受取配当（国内）、受取配当（国外）、寄附金、貸倒引当金、過大支払利子税制、所得税額控除、資産の譲渡に係る特別控除、ムチ税制、所得拡大促進税制のすべてについて「連結グループ全体」で計算を行うことになっているが、これに対しグループ通算制度では、研究開発税制、外国税額控除、受取配当（国外）については「通算グループ全体」、受取配当（国内）、貸倒引当金、資産の譲渡に係る特別控除については「100%グループ全体」で計算を行うこととされている。
グループ通算制度は個別申告方式が採用されている以上、すべて単体ベースで判定するというのが基本となる。ただ、既にグループ法人税制が存在することを踏まえ、その対象となる制度を広げることで、実質的に連結納税制度と変わらないようにするという趣旨で行われたのが、受取配当（国内）や貸倒引当金等に係る改正であると言える。
一方、外国税額控除や研究開発税制のような減税規模の大きい制度については、これを単体ベースに戻すと大幅な増税になってしまうという問題が生じる。そこで、連結納税制度と同様の税負担となるよう、連結グループ全体（通算グループ全体）の計算が維持されたわけだ。
もっとも、令和2年度税制改正では、すべての制度のグループ調整計算について結論が出たわけではない。令和2年度税制改正の対象外となった租税特別措置（ムチ税制や所得拡大促進税制）については今後、グループ通算制度の適用開始（令和4年4月1日以後に開始する事業年度から）までに適用期限が訪れるものごとに、どうするかを検討することになる。
