- 免税事業者が適格請求書発行事業者の登録申請をした場合には経過措置により課税期間の途中でも登録日から適格請求書発行事業者に。
- 令和4年度税制改正では、経過措置が令和11年9月30日まで延長。経過措置を適用し、令和6年分以降の課税期間の途中に登録を行った場合も登録日から課税事業者に。
令和5年10月1日から適格請求書等保存方式（インボイス制度）が導入される。免税事業者が令和5年10月1日の属する課税期間中に適格請求書発行事業者の登録を受けることになった場合には、登録日（令和5年10月1日より前に登録の通知を受けた場合であっても、登録の効力は登録日である令和5年10月1日から生じる）から課税事業者となる経過措置が設けられている（経過措置の適用を受ける場合には、登録を受けるに当たり、課税選択届出書の提出は不要）。
この経過措置について令和4年度税制改正では、取引先が免税事業者の場合には仕入税額控除ができないため、多くの免税事業者が課税事業者になるかどうかの判断に迫られることが予想されることから、免税事業者が登録の必要性を見極めながら柔軟なタイミングで適格請求書発行事業者となることができるよう、令和5年10月1日から令和11年9月30日の属する課税期間においても、課税期間の途中からの登録をできるようにする改正が行われる。
この点、実務家からは、令和6年分以降に経過措置を適用した場合、いつから課税事業者になるのかという疑問の声が挙がっている。財務省によると、例えば、免税事業者である個人事業者が令和6年分の課税期間の途中に適格請求書発行事業者の登録を受けた場合には、登録日から課税事業者となり、基準期間の課税売上高にかかわらず、登録日から課税期間の末日までの期間について消費税の申告が必要になるとしている。したがって、期首から登録日の前日までは免税事業者のままということになる。
